San Pedro de los Milagros se encuentra en la etapa de formulación de la actualización del Plan Básico de Ordenamiento Territorial (PBOT). El municipio está actualizando su marco de planificación, ya que desde el año 2000 opera bajo un Esquema de Ordenamiento Territorial (EOT) desactualizado.

La actualización del PBOT busca establecer una hoja de ruta para el municipio en diversos aspectos. Este nuevo plan abordará la inversión pública, la regulación del uso del suelo, la gestión ambiental, las nuevas estrategias comerciales y el desarrollo general del municipio para los próximos 12 años.